Ključne nepravilnosti na koje su ukazali revizori odnose se na nepostojanje adekvatnog sistema internih kontrola u preduzeću, kao i nedosljedno i neadekvatno primjenjivanje računovodstvenih politika koje je utvrdila Uprava preduzeća.
Među najvećim primjedbama je i zapošljavanje radnika bez javnog konkursa, slučajevi neposjedovanja adekvatne stručne spreme u odnosu na zahtijevanu na konkretnim radnim mjestima, primjenu viših koeficijenata za obračun primanja, kao i nepostojanje adekvatne organizacije i sistematizacije radnih mjesta u preduzeću.
Uočena su i značajna odstupanja stvarno angažovanih u odnosu na ukupan broj sistematizovanih radnika.
Revizori su ukazali na neadekvatno izvještavanje o poslovnim segmentima, kako u smislu primjene relevantnih računovodstvenih pravila, tako i u pogledu primjene pravila koja utvrđuje regulator na tržištu.
U izvještaju revizora ukazuje se i na nepostojanje adekvatnog popisa imovine preduzeća, što je dovelo do materijalno značajnih nepravilnosti u pogledu utvrđivanja stvarnih prava nad značajnim dijelom korišćene stalne imovine.
Glavna služba za reviziju saopštila je da su "Željeznice" pogrešno vrednovale vlastiti kapital preduzeća, kao i da nisu imale Uputstva o nabavci što je uticalo na pojavu neracionalnih postupaka javnih nabavki, od kojih su neki vođeni po nekoliko godina.
Prethodna finansijska revizija u "Željeznicama Republike Srpske" izvršena je za poslovnu 2007. godinu, kada su se revizori uzdržali od mišljenja, što je i najteža kvalifikacija u eksternoj reviziji.
