Stanković se tereti da je bez znanja ostalih osnivača 2011. godine uplatio povećanje vlasničkih uloga na način koji mu je kasnije omogućio potpuno preuzimanje vlasničkih i upravljačkih prava na Univerzitetu.
Kako proizilazi iz istrage, on je u ovom postupku izvršio nezakonite promjene prava nad vlasničkim udjelima tako što je pri povećanju kapitala Univerziteta s dvije na pet hiljada, na svoje ime uplatio znatno veći iznos u odnosu na ostale suosnivače.
On je postupajući bez znanja ostalih suosnivača u svoje ime uplatio iznos od 1.900 KM, dok je u ime svih ostalih suosnivača uplatio iznos od 1.100 KM. Tako je sebi pribavio korist u vidu povećanja vlastitog udjela s 55 posto na 60 posto što je istovremeno dovelo do umanjenja udjela ostalih suosnivača.
Osim zlopotrebe položaja u postupku povećanja osnovnog kapitala Evropskog univerziteta, Tužilaštvo Distrikta Stankovića tereti i za davanje lažnih podataka prilikom prijavljivanja prebivališta u Brčko distriktu 2012. godine.
Naime, postoji osnovana sumnja da je u ovom postupku optuženi u propisanim obrascima naveo da posjeduje državljanstvo BiH, iako mu je ono prestalo 10 godina ranije odricanjem pred nadležnim ministarstvom BiH.
Nakon okončanja istrage u ovom slučaju, Tužilaštvo Distrikta optužilo je Stankovića za krivična djela zloporabe položaja ili ovlaštenja i ovjeravanja neistinitog sadržaja.
Optužnicu za krivična djela Tužilaštvo je dostavilo na daljnji kazneni postupak nadležnom sudu, koji ju je u cjelosti potvrdio
