Jedan od osnovnih razloga koji je utjecao na izražavanje negativnog revizorskog mišljenja odnosi se na prekoračenje odobrenog budžeta za 2012. i stvaranje obaveza suprotno odredbama Zakona o budžetskom sistemu RS, tj. prekoračenje ukupnog iznosa stvorenih obaveza za novčane podsticaje u poljoprivredi u odnosu na stvarno raspoloživa budžetska sredstva u toj godini za gotovo 49 miliona KM.
Osim ovoga, tokom revizije uočene su značajne nepravilnosti u vezi s obradom zahtjeva i prilikom dodjele jednog dijela novčanih sredstava za podsticaje u poljoprivredi, pri utvrđivanju statusa i plaća zaposlenih, saopćila je Glavna služba za reviziju javnog sektora RS.
Nepravilnosti su također utvrđene i prilikom zapošljavanja radnika kod pojedinih institucija čiji su finansijski izvještaji uključeni u revidirane zbirne finansijske izvještaje, prilikom izbora projekata i dodjele novčanih sredstava za projekte koji se finansiraju iz sredstava posebnih namjena za šume, kod obračuna koncesionih naknada, posebno kod naknada za zakup poljoprivrednog zemljišta, kod pojedinih postupaka javnih nabavki.
Ministarstvu je dato ukupno 11 preporuka čije provođenje bi trebalo da osigura značajna poboljšanja u upravljanju kompleksnim sektorom u njegovoj resornoj nadležnosti.
Revidirani zbirni godišnji finansijski izvještaji obuhvataju finansijske izvještaje ministarstva, kao posebne potrošačke jedinice, Hidrometeorološkog zavoda RS, Agencije za agrarna plaćanja, Agencije za pružanje stručnih usluga u poljoprivredi, Agencije za uzgoj i selekciju u stočarstvu, Agencije za vode oblasnog riječnog sliva Save, Agencije za vode oblasnog riječnog sliva Trebišnjice, Agencije za šume, Jedinice za koordinaciju poljoprivrednih projekata, Projekat upravljanja Neretvom i Trebišnjicom i Fond „Partner".
Ovo ministarstvo zasad je jedini resor Vlade RS koji je od revizora donio negativno mišljenje o radu u 2012.godini.
